该剧表演清末庚子年，八国联军入侵北京。同仁堂大东家携妻子乐徐氏、子乐继晶及八弟乐平离京远赴山西避难。八国联军攻破京城，百姓惨遭蹂躏。侵略军火烧大栅栏，老药铺同仁堂前脸被烧，药料被抢。乐子川在山西患病，但他想到战乱之后，恐有瘟疫流行，急于返京治病救人。
负责与联军谈判的庆王，以屈辱的卖国换来了慈禧和那些贪官污吏的安全，签订了丧权辱国的投降合约。曾被同仁堂资助留学日本，现任总理衙门机要章京的黄维廉垂涎同仁堂远非一日，想借此时机把同仁堂占为己有。
匆忙赶回北京的乐子川命丧京都郊外，面对铺子被烧，药料、钱财被掠夺一空，灾鸿遍野、瘟疫流行、家族意见不一，八爷争闹分家，在此七灾八难，老店濒临倒闭的险境下，女东家徐氏临危受命，率领全店的药工，顶住各方面的压力：洋鬼子的肆虐、洋奴买办的阴谋、皇宫阉宦的刁难以及来自内部看不起女人掌权的封建思想的干扰，宁死不做给洋兵、贵人养生的如意长生酒。坚持给穷人赶制除瘟疫救命的清瘟三宝。特别是同仁堂的大查柜刘福升，二查柜张宏亭、丫头秋菊，同仁同德，上下一心，共渡难关，重建同仁堂。
八国联军撤退时，要以同仁堂所产的”如意长生酒“犒赏三军。同仁堂人坚不生产。并顶住来自侵略，庆王，黄维廉，首领太监等反动势力的高压，不惜以押老匾换取资金救助百姓。被惹怒的庆王爷等将乐徐氏投入监狱。
历经成与败，生与死的种种考验的同仁堂，在全城百姓及侠伶谭鑫培、名妓赛金花的呼吁下，清宫大内终于释放了乐徐氏，同仁堂这块康熙年间的老匾又冉冉升起，造福百姓，济世救人。
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